蛋白質變性的本質通常是破壞瞭次級鍵。次級鍵是指連接不同肽鏈或肽鏈內部的相互作用力，包括氫鍵、疏水相互作用、離子鍵、分子間作用力等。這些次級鍵在維持蛋白質的三維結構和功能中起著關鍵作